Od prvog naziva pa do danas, Subotica je navodno promenila više od 200 imena. Ako je ovo tačno, onda je Subotica apsolutni rekorder po ovome, ne samo u Srbiji već i u regionu.
Prvi put se spominje 1391. pod mađarskim imenom Zabadka. Ovo je samo jedna od varijacija trenutnog naziva grada na mađarskom jeziku Szabadka. Mađarski naziv grada sastoji se od prideva Szabad, koji znači „slobodan“, i sufiksa -ka koji se upotrebljava za deminutiv. U grubom prevodi znači nešto kao „malo“ ili „drago“ „slobodno mesto“. Godine 1527. Subotica je bila prestonica kratkotrajne srpske države samoproglašenog cara Jovana Nenada. Srpski naziv grada Subotica potiče od reči dana u nedelji „subota“ i prvi put se pojavljuje 1653. godine. Pošto ime potiče od reči za dan, moglo bi se reći da je značenje imena „mala subota“.
Postoji verovanje da je od prvog naziva Sopotnica do današnjeg, promenjeno oko 200 naziva. Po jednom tumačenju grad ime nosi po Suboti Vrliću, rizničaru cara Jovana Nenada (istog onog za čije vreme je Subotica bila prestonica). Prema drugim tumačenjima, srednjovekovno ime Zabatka potiče od slovenske reči „zabat“, odnosno od „zabata sa panonskih kuća“.
Subotica ima različite nazive na zvaničnim jezicima u Vojvodini: Szabadka (mađarski), Subotica (hrvatski), Maria-Theresiopel ili Theresiopel (nemački), Subotica (slovački), Subotica (rusinski), Subotica ili Subotiţa (rumunski). Od polovine 18. veka ime joj je promenjeno u Sancta Maria, po austrijskoj carici Mariji Tereziji. Ime grada je ponovo promenjeno 1779. u Maria Tereziopolis, a ime Subotica (Szabadka) joj je vraćeno 1845. Lokalni Srbi i Bunjevci su još od 17. veka koristili naziv Subotica, ali je tek nakon 1918. godine i ozvaničeno ovo ime. Od 2007. godine Subotica ima status grada.